研究所以应用基础研究和应用研究为主，着重解决稻作生产中的重大科技问题。具有从事水稻群体、个体、组织、细胞、分子等各层次的科研能力。主要任务：

（1）水稻种质资源的收集、保存、评价和种质创新与利用研究；

（2）研究有关提高稻米产量、品质、耐不良环境和经济效益的重大科学技术和理论问题；

（3）组织和协调全国有关水稻重点科技项目和综合发展研究；

（4）开展国内外水稻科学技术交流、合作研究与人员培训工作，编辑出版水稻学术刊物和理论著作。

现内部科研机构设有：国家水稻改良中心、稻作技术研究与发展中心、农业部稻米及制品质量监督检验测试中心、科技信息中心、北方水稻研究中心和水稻生物学国家重点实验室，简称为“五个中心、一个实验室”。

研究所现有在职职工350人（含试验场职工103人），其中高中级科技人员237人，博士生导师27人，具有博士学位141人，硕士学位50人。同时还聘请国内外著名科学家担任兼职研究员。

研究所所部位于杭州市区中心。在杭州西南34公里处的富阳区境内拥有一个包括实验室群、实验农场等在内的科学实验基地，占地5700余亩。基地建有科学实验楼、图书信息楼、生物工程楼、水稻种质库、人工气候箱群、温室、访问科学家与进修培训人员宿舍及其它配套设施，总建筑面积为3.5万平方米。 实验室中配备有近2.4亿元的仪器设备。在海南陵水县还建有海南试验中心。在黑龙江宝清县正在建设北方水稻研究中心。